Péče o přírodní zahradu kolem budovy ekocentra probíhá každoročně zejména od března do listopadu. Vyžaduje práci specialisty, jehož přístup kombinuje praktické zahradnické zkušenosti s hlubším vztahem k přírodě a rozsáhlými vědomostmi. Vedle toho také nepravidelnou práci dalších lidí, schopných např. opravovat dřevěné konstrukce, ošetřovat stromy, nebo tvořit výtvarné kompozice do vzdělávacích prvků pro návštěvníky. Materiálně je údržba přírodní zahrady poměrně nenáročná, přesto je třeba každoročně pořídit pár kusů nářadí, drobný materiál na obnovu informačních cedulí, vyměnit opotřebované ptačí budky apod.
K cílům péče o přírodní zahradu patří podporovat vysokou biologickou rozmanitost, fungování koloběhů vody a látek a adaptaci ke klimatické změně. Jde tedy o jiný druh péče, než odpovídá konvenčním představám, proto je nutné zřetelně informovat návštěvníky o významu ponechávání zdánlivého „nepořádku“, jako jsou hromady větví, plošky neposečené trávy nebo málo „organizované“ porosty. Každoročně se během roku vystřídají typické činnosti, jako jsou prořezávky a štěpkování větví, péče o trvalkové záhony, vysazování a přesazování bylin, tvorba nových biotopů, šetrná údržba zahradních trávníků i malých vodních ploch, práce s komposty, údržba ptačích budek, hmyzích a domků a jiných úkrytů pro živočichy, štěrkových, oblázkových a písčitých cest nebo okrajů, systému zachytávání dešťové vody, herních a vzdělávacích prvků a návštěvnického zázemí. Tyto činnosti vyžadují náklady v řádu vyšších desítek tisíc ročně.
Hlavním zdrojem financování péče o přírodní zahradu v roce 2025 byl příspěvek z dotačního programu města České Budějovice na ochranu životního prostředí ve výši 49950 Kč (projekt „Na sídlišti v rozmanitém ekosystému: Přírodní a komunitní zahrada ekocentra Cassiopeia v roce 2025“). Péči o přírodní zahradu dále spolufinancoval Jihočeský kraj skrze podporu činnosti sítě environmentálních center Krasec částkou 10 000 Kč. Částečně byla zahrada udržována dobrovolnickou prací.
