Ekocentrum Cassiopeia se snaží udržovat zavedené způsoby spolupráce s jihočeskými školami, a zároveň rozvíjet nové. Nejběžnějším způsobem spolupráce je lektorování environmentálních výukových programů pro kolektivy dětí od předškolního věku po střední školu. Výukový program je promyšlený celek na sebe navazujících učebních aktivit na dané téma. Je založen na metodách aktivního učení žáků, často využívá spolupráci v malých skupinách (lektor zpravidla uvádí činnosti, pomáhá žákům s řešením úkolů, organizuje sdílení výsledků, diskusi, doplňuje informace). Výukový program obohacuje a doplňuje školní vzdělávání jak obsahově, tak metodicky. Výukové programy probíhají v našem centru v Č. Budějovicích, na venkovních lokalitách nebo přímo ve školách.
O naše výukové programy je každoročně velký zájem, s jejich realizací jsou však spojené náklady, které musíme pokrýt adekvátním příjmem. K jeho zajištění slouží účastnické poplatky, nastavené s ohledem na cílovou skupinu, v kombinaci s podporou z veřejných zdrojů. Část výukových programů v roce 2019 je spolufinancována Jihočeským krajem prostřednictvím dotace pro Krajskou síť environmentálních center Krasec.